Da sowohl bei den Prozessen der Wasserstoffherstellung aus fossilen Rohstoffen, als auch bei der Herstellung aus Biomasse, große Mengen des Treibhausgases Kohlendioxid anfallen – bei der Biomasse wurde die gleiche Menge Kohlendioxid beim Wachstum der Pflanzen aufgenommen – ist es sinnvoll in Zukunft das anfallende Kohlendioxid zu speichern (carbon dioxide capture and storage, CCD) und nicht in die Atmosphäre zu entlassen, um die gesteckten Klimaziele zu erreichen. Die CCD-Technik ist aber zur Zeit in der Erprobungsphase und wird wirtschaftlich nur bei zentralen Großanlagen tragbar sein.
Eine flächendeckende Dezentralisierung der Wasserstoffproduktion ist mit Hinblick auf eine drohende Erderwärmung zunächst nur mit anderen Verfahren möglich, wie z.B. der Wasser-Elektrolyse, mit Hilfe derer der Wasserstoff durch regenerativ hergestellte, elektrische Energie CO2-neutral hergestellt werden kann.